天寒地冻的雪夜，江湖杀手燕十三喝的醉醺醺，在桥上遇到想为弟报仇而在此等候的高通，两人大战，高通惨败而死，楼上观看的众人却依旧将燕十三当做神剑山庄三少爷谢晓峰的影子。
行走江湖时，三少爷的青梅竹马江南七星塘小姐慕容秋荻，因两次被三少爷抛弃，故由爱生恨，找上燕十三，激将与他，让他杀了三少爷，而这一切被爱慕慕容秋荻的随从竹叶青看在眼里。
燕十三只身一人前往神剑山庄，决意与三少爷一决高下，而神剑山庄庄主谢王孙却告知燕十三，传承谢氏剑法的三少爷于一月前已经去世。燕十三十分悲痛，吐出血来，并将自己的剑丢下江去。与此同时，神剑山庄宣告隐退江湖。
慕容秋荻得知三少爷的死讯后，更是难过，竹叶青趁此表白，又遭拒绝。随后，江湖上出现幽冥教，烧杀抢掠，灭门了多个门派，企图一统江湖。
其实谢晓峰却并没有死去，因厌恶江湖的杀戮，隐去功力，在以吃喝玩乐闻名的苦海镇化名为阿吉，在妓院晓月楼成为任人欺辱的小厮——没用的阿吉。因看不惯客人不付钱，而为视钱如命妓女小丽讨回受了客人的四刀，一声不吭，但却活了下来。因此，小丽倾心于他，晓月楼大老板——幽冥教的一个舵主，也想栽培他。
电影三少爷的剑相海报
阿吉不想，便逃了出去。却被以挑粪为生的苗子和他娘老苗婆收留，留在了穷苦的村子里和苗子一起挑粪。而这苗子竟然是小丽的哥哥，因此知道了小丽原名叫娃娃，为了挣钱骗家人在富人家做婢女。知道阿吉在他家后，决定不再回妓院。
与此同时，燕十三却被诊断出时日无多，机缘巧合之下，他来到了阿吉所在的村子，住了下来，为自己准备后事。
晓月楼大老板因小丽和阿吉的出逃，让杀手把他们抓回来。在抓捕过程中，小丽的谎言被揭穿，路过的燕十三打跑了晓月楼的人，却也让杀手认出了阿吉的真实身份。
村子里的人为了自保，便去请求燕十三教阿吉武功。阿吉不愿再握剑，燕十三便拒绝了他们。却杀了晓月楼所有人，村子里的人庆祝了一夜。
燕十三决定收阿吉为徒，将十三剑传授与他。同时，慕容秋荻也知道了三少爷没死的消息，来村子带走了阿吉。假意与三少爷过隐世生活，却令三少爷想起以往所痛恨的江湖，故再次离去，回到苗子家。慕容秋荻回来找三少爷，三少爷为了单独引走他们而走散。同时，天尊的人以为大老板报仇烧了村子，杀了所有人。因慕容秋荻被娃娃道破自己对三少爷的爱实则是对他身份的爱而恼羞成怒，杀了苗子，企图烧死娃娃和老苗婆。阿吉来救人时只找到被老苗婆掩在身下已经毁容，奄奄一息的娃娃。
天尊的人即将攻打神剑山庄，而三少爷因多年杀人的罪恶感，不愿提剑，燕十三解除了他的心理障碍，他们一同回到神剑山庄，却发现天尊实际上竹叶青，一切都是他们为了独占江湖的阴谋。两方大战，慕容秋荻错杀了竹叶青，垂死时，竹叶青为爱杀了慕容秋荻。
燕十三和三少爷比武，死于三少爷剑下，从此，三少爷成为燕十三带着康复后的娃娃重回江湖。
